原名璞玉計劃的「台灣知識旗艦園區計畫」，因事涉徵收447公頃特定農業區的良田，爭議多年。2011年全台掀起土地徵收風暴，社會要求修改「土地徵收條例」，其中一項重點，即是「特定農業區不得徵收」。「土地徵收條例」雖然於該年獲得修法，但土徵條例依舊為徵收特定區留下「行政院核定重大建設得以徵收」的後門，值得注意的是，重大建設的明確定義付之闕如。

過去重大建設多半由中央主管機關作為主要開發者，如科學園區；或公共建設，如台南鐵路地下化。由地方政府與交通大學主導的台知園區雖有「園區」二字，並聲稱將扣連竹科為一發展廊帶，主要推手卻是地方政府與交通大學，且未有任何上位政策支撐。

事實上，點進新竹縣政府為台知園區打造的專屬網頁中就知道，這個由璞玉計劃變身的開發案的利益，在於「高鐵生活區」。而新竹竹北自竹科開發以來，早已有台大進行大學城開發失敗的前車之鑒。由於新竹縣內仍有許多閒置工業區，2011年10月23日的都委會審議中，內政部地政司便指出：「新竹縣內仍有許多閒置工業區，且當初縣政府劃給台大的計畫用地，在台大撤離後，本可轉給交大使用，縣府卻先將該地變更為綠能專區，再另行徵收特定農業區，必要性教人存疑。」由上所述，台知園區既不符合土徵條例中應該具備的公益性，亦不符合必要性。

儘管如此，新竹縣政府並未放棄快到手的肥肉。畢竟台知園區計劃喊出後，璞玉地區的地價連番上漲，2013年8月，地價已從一坪6萬飆升到9萬。為了解套，行政院將台知園區視為《產業創新條例》的「產業園區」，將經濟部指定為主管機關，要求經濟部依「土地徵收條例施行細則第2-1條」，邀集相關部會審議此計畫是否為國家重大建設。

1月17日，經濟部召開了審議會議，根據苦勞網報導台知園區是否為重大建設，將以「確定有廠商需求」、「確定沒有其他適當土地可供使用」，以及「土地的容受能力」作為考量。儘管有了評議框架，但這些審議標準依舊模糊或可操作。

確定有廠商需求往往浮誇。大埔爭議殷鑑不遠。確定沒有其他適當土地可供使用也可操作：謊報入駐廠商需地面積，中科四期即為一例。其中「土地的容受能力」相對明確，但從過往開發審議經驗，容受能力並非由整體環境與發展面向作為考量，而是透過環評的「降低衝擊的方法」作為取地手段。

土地容受力，並非單指「土地足可承受的污染」。土地容受力的概念應含括「合理的使用與分配」，其中最重要的合理使用，即是農用。過去政府的思維一直是「農業無用」，因而朝向工業開發，進而進行土地炒作，但這不但是老舊思維，更是執政者對糧食安全以及提升農業價值的推諉。

聯合國將今年定為「國際家庭農業年」，即是希望推動更加公平和均衡發展的可能性，在國家農業、環境和社會政策中，重新確立農業，尤其是家庭農業（即小農）的核心地位。因為小農不但是糧食生產領域的主要形式之一，更保障生態環境、自然資源可持續利用以及扮演社會安全網的角色。

2011年，行政院被迫喊出「儘量不徵收特定農業區」，絕非僅是政治壓力，而是糧食危機迫在眉睫。依據農委會委託做出的「估算我國潛在糧食自給率及最低糧食需求之研究」，台灣農地面積需求為74至81萬公頃。台北大學不動產與城鄉環境學系副教授廖本全引用內政部統計年報資料表示，台灣現有非都市土地之農業區，供農業使用土地（農牧用地）面積有44.6萬公頃，其中特定農業區有27.08萬公頃，一般農業區有17.5萬公頃。但44.6萬公頃中的16％已遭轉用，顯示農業用地（特別是特定農業區）早已不足。此案該怎麼落幕相當清楚，只賴農委會與內政部是否願意回歸專業、告別派系與金權遊戲。